پس از وقایع فیلم قبلی، اپتیموس پرایم برای نجات سیاره‌ی نابودشده‌ی سایبرترون راهی فضا می‌شود، اما توسط الهه‌ی سایبرترونی، کوئینتسا، دستکاری و به "نمسیس پرایم" تبدیل می‌شود. در همین حال، کید ییگر (مارک والبرگ) به همراه بامبلبی و سایر اتوبات‌ها از ترنسفورمرهای پناهنده محافظت می‌کند. او به کمک سر ادموند برتون (آنتونی هاپکینز)، آخرین بازمانده‌ی انجمن مخفی ویتویکن‌ها، و ویوین ویمبلی (لورا هاداک)، استاد دانشگاه آکسفورد و نواده‌ی مستقیم مرلین، باید عصای جادویی مرلین را پیدا کند؛ تنها چیزی که می‌تواند زمین را از نابودی توسط سایبرترون نجات دهد، چراکه مشخص می‌شود خودِ سیاره‌ی زمین در حقیقت آنلاکرون است، یک موجود کیهانی عظیم‌الجثه